МКАД — это Московская кольцевая автомобильная дорога. Отталкиваемся от слова «дорога» — женский род, а значит, и аббревиатура женского рода.

Правильно: МКАД перегружена

Действительно, часто можно услышать по радио «МКАД перегружен», но это допустимо только в разговорном стиле. И никаких «на МКАДе» и «по МКАДу». Аббревиатура МКАД не склоняется, опять-таки только в устной речи.